普拉替尼作为靶向药，虽然效果不错，但用起来确实会有些身体反应。最常见的就是便秘，很多患者会觉得肚子胀、排便困难，这时候多喝水、吃点高纤维的食物会好受些。高血压也是个常遇到的问题，有些人服药后血压会升高，医生一般会建议定期量血压，必要时配合降压药。还有不少人反映容易累，整天没精神，这种疲乏感可能会持续一段时间，但通常不会影响继续治疗。
除了这些，肌肉酸痛和腹泻也比较常见。有些患者会觉得胳膊腿发沉，甚至上下楼梯都费劲；腹泻的话一天可能跑好几次厕所，严重时医生会开点止泻药。实验室检查里，淋巴细胞和中性粒细胞减少的情况比较多，简单说就是抵抗力会暂时下降，容易感冒，所以要注意别着凉。
少数人可能会遇到更麻烦的副作用，比如肺炎或心跳异常。如果突然咳嗽加重、喘不上气，或者觉得心慌、头晕，一定要赶紧告诉医生。还有个罕见但严重的间质性肺炎，虽然概率不高，但一旦出现呼吸困难、低烧，必须马上停药处理。不过整体来看，大部分反应都能通过调整剂量或对症治疗控制住，真正因为副作用停药的只有14%左右。